BatMeth2

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BatMeth2简介

Batmeth2是一款操作简便的亚硫酸氢盐测序（BS-Seq）分析流程工具包，它可以在允许不同长度插入缺失（Indel）情况下准确地完成亚硫酸测序序列比对。为了方便DNA甲基化数据分析，BatMeth2可以从raw reads测序数据比对到数据可视化、并最后生成HTML可视化报告文件。

相关功能包括：

  1. 亚硫酸氢盐测序数据比对；
  2. 甲基化水平计算，包括单碱基水平的甲基化水平、基因组区域或者基因转座子等功能区域的甲基化水平；
  3. 差异甲基化胞嘧啶/区域（DMC/DMR）检测功能；
  4. 甲基化水平可视化。

这些功能可以作为一个全流程使用，也可以分步单独运行，非常有利于亚硫酸氢盐数据分析。

BatMeth2 安装

一、安装要求

  1. GCC(v4.8)，GSL
  2. SAMtools（建议>1.3.1版本）
  3. Fastp，如果将原始数据做为输入文件，需要这个软件，否则不必
    1. Fastp下载：wget http://opengene.org/fastp/fastp
    2. Fastp权限更改: chmod 744 fastp

二、安装Batmeth2的过程

  1. 下载软件安装包BatMeth2-master.zip（https://github.com/GuoliangLi-HZAU/BatMeth2）
  2. 解压软件安装包BatMeth2-master.zip
  3. 将解压后的软件目录“BatMeth2-master”修改为“BatMeth2”
  4. 安装过程
    1. cd BatMeth2
    2. ./configure
    3. make
    4. make copy
  5. 如果不需要gzip格式的进程文件，你可以使用以下过程安装软件：
    1. cd BatMeth2
    2. ./configure
    3. make nogzip
    4. make copy-nogzip
  6. BatMeth2的二进制文件将创建于bin目录下