BatMeth2

BatMeth2简介

Batmeth2是一款操作简便的亚硫酸氢盐测序(BS-Seq)分析流程工具包,它可以在允许不同长度插入缺失(Indel)情况下准确地完成亚硫酸测序序列比对。为了方便DNA甲基化数据分析,BatMeth2可以从raw reads测序数据比对到数据可视化、并最后生成HTML可视化报告文件。

相关功能包括:

  1. 亚硫酸氢盐测序数据比对;
  2. 甲基化水平计算,包括单碱基水平的甲基化水平、基因组区域或者基因转座子等功能区域的甲基化水平;
  3. 差异甲基化胞嘧啶/区域(DMC/DMR)检测功能;
  4. 甲基化水平可视化。

这些功能可以作为一个全流程使用,也可以分步单独运行,非常有利于亚硫酸氢盐数据分析。

BatMeth2 安装

一、安装要求

  1. GCC(v4.8),GSL
  2. SAMtools(建议>1.3.1版本)
  3. Fastp,如果将原始数据做为输入文件,需要这个软件,否则不必
    1. Fastp下载:wget http://opengene.org/fastp/fastp
    2. Fastp权限更改: chmod 744 fastp

二、安装Batmeth2的过程

  1. 下载软件安装包BatMeth2-master.zip(https://github.com/GuoliangLi-HZAU/BatMeth2)
  2. 解压软件安装包BatMeth2-master.zip
  3. 将解压后的软件目录“BatMeth2-master”修改为“BatMeth2”
  4. 安装过程
    1. cd BatMeth2
    2. ./configure
    3. make
    4. make copy
  5. 如果不需要gzip格式的进程文件,你可以使用以下过程安装软件:
    1. cd BatMeth2
    2. ./configure
    3. make nogzip
    4. make copy-nogzip
  6. BatMeth2的二进制文件将创建于bin目录下