DNA甲基化水平差异分析

1. DNA甲基化差异分析，BatMeth2提供了单位点差异分析、区间甲基化差异分析以及基因差异分析功能。并且根据是否存在实验重复，软件可以采用不同的统计方法。

2. DNA甲基化水平注释, DNA甲基化水平功能注释，根据用户提供的基因/转座子等注释文件，BatMeth2计算了DNA甲基化水平在注释文件上的甲基化水平分布，并且该文件可以结合BatMeth2可视化功能直观的展示DNA甲基化水平在基因/转座子等元件上的分布模式。
• 使用方法

  BatMeth2 batDMR -g genome -o_dm dm.output.txt -o_dmr dmr.output.txt -1 [sample1.methC.txt replicates ..] -2 [sample2.methC.txt replicates ..]

• 主要参数

  
   -o_dm        设置输出文件名称
   -o_dmr       根据dmc分布自动检测dmr时，使用此参数
   -g|--genome  输入参数基因组名称
   -1           输入样本1的甲基化文件，由空格分割，calmeth产生的结果文件
   -2           输入样本2的甲基化文件，由空格分割，calmeth产生的结果文件
   -mindmc      最小DMC位点在DMR区域内. [default : 4]
   -minstep     最小移动距离 [default : 100]
   -maxdis      DMR最大长度 [default : 0]
   -pvalue      pvalue阈值, default: 0.01
   -FDR         设置校正后的pvalue阈值，默认是0.05
   -methdiff    设置甲基化差异的阈值，默认为0.25[CpG]
   -element     设置统计某种功能元件，基因或者TE
   -L           输入提前设置好的区域
   -h           查看帮助文档
  # 提前设置好的区域计算DMR命令格式
  

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输入文件格式

input.meth.txt

Chromosome	Loci	Strand	Context	C_count	Coverage
chr1	10060	+	CG	10	20
chr1	10086	+	CG	0	16
chr1	10120	+	.	18	20

DMC 输出文件格式

Chromosome	Loci	Strand	Context	Pvalue	Adjust Pvalue	#Meth in Sample1	#Coverage in Sample1	#Meth in Sample2	#Coverage in Sample2	meth.diff
Chr1	109	+	CG	0.000453363	0.00050274	2	26	20	22	-0.832168
Chr1	110	-	CG	1.25179e-12	8.39457e-12	0	72	26	26	-1
Chr1	115	+	CG	4.81815e-05	5.6229e-05	2	30	22	23	-0.889855
Chr1	116	-	CG	2.57731e-13	2.24416e-12	0	77	27	27	-1
Chr1	162	-	CG	1.55992e-13	1.48281e-12	0	85	28	32	-0.875