BatMeth2

DNA甲基化水平差异分析

  1. DNA甲基化差异分析,BatMeth2提供了单位点差异分析、区间甲基化差异分析以及基因差异分析功能。并且根据是否存在实验重复,软件可以采用不同的统计方法。
  2. dmr-batmeth2
  3. DNA甲基化水平注释, DNA甲基化水平功能注释,根据用户提供的基因/转座子等注释文件,BatMeth2计算了DNA甲基化水平在注释文件上的甲基化水平分布,并且该文件可以结合BatMeth2可视化功能直观的展示DNA甲基化水平在基因/转座子等元件上的分布模式。
    • 使用方法
      BatMeth2 batDMR -g genome -o_dm dm.output.txt -o_dmr dmr.output.txt -1 [sample1.methC.txt replicates ..] -2 [sample2.methC.txt replicates ..]
    • 主要参数
      
       -o_dm        设置输出文件名称
       -o_dmr       根据dmc分布自动检测dmr时,使用此参数
       -g|--genome  输入参数基因组名称
       -1           输入样本1的甲基化文件,由空格分割,calmeth产生的结果文件
       -2           输入样本2的甲基化文件,由空格分割,calmeth产生的结果文件
       -mindmc      最小DMC位点在DMR区域内. [default : 4]
       -minstep     最小移动距离 [default : 100]
       -maxdis      DMR最大长度 [default : 0]
       -pvalue      pvalue阈值, default: 0.01
       -FDR         设置校正后的pvalue阈值,默认是0.05
       -methdiff    设置甲基化差异的阈值,默认为0.25[CpG]
       -element     设置统计某种功能元件,基因或者TE
       -L           输入提前设置好的区域
       -h           查看帮助文档
      # 提前设置好的区域计算DMR命令格式
      


输入文件格式

input.meth.txt
Chromosome Loci Strand Context C_count Coverage
chr1 10060 + CG 10 20
chr1 10086 + CG 0 16
chr1 10120 + . 18 20

DMC 输出文件格式

Chromosome Loci Strand Context Pvalue Adjust Pvalue #Meth in Sample1 #Coverage in Sample1 #Meth in Sample2 #Coverage in Sample2 meth.diff
Chr1 109 + CG 0.000453363 0.00050274 2 26 20 22 -0.832168
Chr1 110 - CG 1.25179e-12 8.39457e-12 0 72 26 26 -1
Chr1 115 + CG 4.81815e-05 5.6229e-05 2 30 22 23 -0.889855
Chr1 116 - CG 2.57731e-13 2.24416e-12 0 77 27 27 -1
Chr1 162 - CG 1.55992e-13 1.48281e-12 0 85 28 32 -0.875