计算DNA甲基化水平

1. 根据比对结果计算全基因组单位点DNA甲基化水平、区域甲基化水平结果
• 使用方法

  BatMeth2 calmeth [options] -g GENOME -i/-b  -m prefix

• 主要参数

   -g|--genome      参考基因组名称
   -i|--input       输入sam格式的文件
   -b|--binput      输入bam格式的文件
   -p|--threads     设置线程数
   -n|--Nmismatch   错配碱基数
   -m|--methratio   输出文件前缀
   -c|--coverage    设置最小的覆盖度，默认是5
   -s|--step        染色体使用100000bp的重叠滑动窗口，步长为50000bp。 默认步骤：50000（bp）
   -R|--Regions     设置DMR的bin大小，默认为1kb
   -r|--remove_dup  是否去冗余，默认是否
   -h|--help        查看帮助文档
  

2. DNA甲基化水平注释, DNA甲基化水平功能注释，根据用户提供的基因/转座子等注释文件，BatMeth2计算了DNA甲基化水平在注释文件上的甲基化水平分布，并且该文件可以结合BatMeth2可视化功能直观的展示DNA甲基化水平在基因/转座子等元件上的分布模式。
• 使用方法

  BatMeth2 methyGff [options] -o  -G GENOME -gff /-gtf /-b -m [-B][-P]

• 主要参数

   -g|--genome      参考基因组名称
   -o|--out 设置输出文件前缀
   -G|--genome 输入参考基因组文件
   -m|--methratio 输入由calmeth得到的methratio文件
   -c|--coverage 设置最小覆盖度的大小，默认是5
   -C 设置最大覆盖度的大小，默认是600
   -gtf|-gff 输入参加注释文件
   -b|--BED 设置输出文件为bed格式(染色体，起始位点，终止位点)
   -d|--distance 设置基因体侧翼序列的长度，默认是2000
   -B|--body
   -P|--promoter
   --TSS 输出文件：outPrefix.TSS.cg.n.txt
   --TTS 输出文件：outPrefix.TTS.cg.n.txt
   --GENE 输出文件：outPrefix.GENE.cg.n.txt
   -h|--help 查看帮助文档